根据结石生长位置的不同，胆管结石有肝内、肝外之分，长在肝内各级胆管里面的是肝内胆管结石，长在肝外的分别是肝总管结石、胆囊结石，以及胆总管结石。
人体胆道系统的结构像树一样：一部分位于肝脏里面，类似于树根，有各级分支，称为一级胆管、二级胆管、三级胆管等等；另一部分在肝外，包括肝总管、胆囊和胆总管。根据结石生长位置的不同，胆管结石有肝内、肝外之分，长在肝内各级胆管里面的是肝内胆管结石，长在肝外的分别是肝总管结石、胆囊结石，以及胆总管结石。
虽然肝内胆管结石与肝外胆管结石都是结石，但却是两类截然不同的疾病。
1）发病机理不同：先说肝外胆管结石，胆囊结石的发生与机体代谢、遗传等因素有关，胆总管结石则多继发于胆囊结石和肝内胆管结石，原发的比较少见；而肝内胆管结石的发生机制目前还不是很清楚，可能与胆道感染引起胆管狭窄、胆管狭窄又导致结石产生的过程有关。
2）结石成分不同：肝外胆管结石的主要成分是胆固醇，肝内胆管结石的主要成分是胆色素。
3）疾病危害不同：肝外胆管结石的危害主要局限于胆管系统本身，一般不会影响肝脏功能。以胆囊结石为例，结石长时间反复刺激胆囊壁，可能导致胆囊炎或胆囊周围炎，如果结石掉入胆总管，可能导致胆管炎、胰腺炎、梗阻性黄疸；如果结石正好坎顿在狭窄的胆囊颈部，很容易造成胆囊壁穿孔，引发胆囊-胃瘘、或胆囊-肠瘘；如果结石特别大，还可能导致胆囊癌的发生。
肝内胆管结石就不同了，由于结石处于肝内胆管，往往会造成肝脏、胆道两大系统的损害：一方面容易引发胆管炎，导致患者出现腹痛、高热、黄疸的表现；另一方面，如果胆管炎没有及时治疗，很可能影响肝脏功能，引起肝脓肿、肝纤维化、慢性肝硬化、或者是肝萎缩等一系列病变，到时患者可能会出现肝大、腹水、黄疸、消化道出血、营养不良等表现；再严重的话，还会进一步出现肝内胆管癌、或肝细胞癌等严重并发症。
治疗效果不同：肝外胆管结石，往往经过一次治疗，患者就能完全康复，基本不会影响其工作和生活；而肝内胆管结石是比较难治的，一旦处理不当，病情很容易反复、迁延不愈，出现各种严重的并发症。
所以，与肝外胆管结石相比，肝内胆管结石要复杂得多。
