对于不同适应证的手术时间仍有争议。在发作胆绞痛的患者中，尽管有可能受医疗资源的限制（有些外科医生也可能会建议某些患者先减肥再施行手术），但没有任何医学理由能够推迟手术。
一项 RCT 比较了入院 24 小时内进行手术和平均等待 4 个月后再进行手术的患者并发症的发生率及住院时间，结果表明，后者并发症的发生率明显上升（0% VS 22.5%），住院时间也延长（后者平均比前者多 1 天）。
急性胆囊炎患者行胆囊切除术的最佳手术时间也备受争议。传统观点认为，最好让炎症稳定至少 6 周以后再行胆囊切除术。相关的系统评价显示，自症状发生 1 周内进行手术治疗能防止在等待手术过程中更严重并发症的发生。早期 LC 能平均减少 4 天的住院时间且不增加手术并发症的发生率（每组为 5%-6%）及需转开腹手术的发生率（每组大约 20%）。
等待手术过程中，尽管患者大多数并发症为急性胆囊炎复发或不缓解，但仍然有可能产生疼痛时间延长、胰腺炎和梗阻性黄疸。一项 RCT 研究显示，患者发作 7-45 天后行 LC 的并发症发生率是早期行手术治疗的 2-3 倍，因而不建议在此期间内行手术治疗。
对于并发轻度急性胰腺炎（无器官功能障碍或局部并发症）患者来说，一项系统评价（只包含一个小样本量 RCT）显示，尽早进行手术（而不是等待症状缓解、血化验指标恢复正常）能平均减少 1 天的住院时间。
有专家表示，重症胰腺炎可能要在发病 48 小时后才显示，而在 48 小时内对重症胰腺炎患者进行手术治疗是有害的。延迟 48 小时再行手术可以解决这个矛盾。早期行胆囊切除术不适合用于急性重症胰腺炎和妊娠患者，仍需更多研究寻求解决方案。
